O Colégio Santo Antônio, como instituição educacional franciscana, procura orientar sua ação pedagógica à maneira de São Francisco de Assis. O CSA baseia a sua ação na espiritualidade franciscana, que considera três aspectos fundamentais: a Justiça, a Paz e a Integridade da Criação. Norteados pela fraternidade, esses três fatores orientam a vida daqueles que querem viver a fidelidade a Deus nos passos de São Francisco de Assis.
Por ser uma escola católica franciscana, o CSA abre-se ao diálogo, à fé, ao testemunho, à ciência, estando a serviço de alunos, familiares e educadores. São Francisco é a fonte de inspiração, o exemplo a ser seguido enquanto homem do acolhimento, do encontro com todas as criaturas de Deus. Assim, o colégio prioriza a educação para o encontro, para o amor, para o gesto concreto de solidariedade e compromisso ético.
A meta maior do Colégio Santo Antônio é envolver toda a comunidade escolar em projetos comuns, que contribuem para a construção de uma cultura de solidariedade e comunhão. Só assim é possível promover a fraternidade universal, tão sonhada por São Francisco.
Educar sob a inspiração de Francisco de Assis é despertar no educando a vontade e o compromisso de estender ao outro o melhor que tem dentro de si mesmo; marcar sua presença com o cuidado, com a atenção e com o carinho, pois essas atitudes são ecos de Deus que se manifestam na dimensão humana.